Der Kapitän des Kreuzfahrtschiffes "Victoria" erhält eine ernstzunehmende Bombendrohung. Um ihren Forderungen Nachdruck zu verleihen, sprengen die Erpresser erst einmal die Wetterstation in die Luft. Der Kapitän des Schiffes kommt dabei ums Leben. Nun übernimmt der Erste Offizier des Schiffs, Carole Tanner, die Brücke. MacGyver und sein Freund Charlie Robinson werden per Helikopter auf das Schiff abgeseilt. Sie sollen die gefährliche, hochkomplexe Bombe entschärfen. Das ist leichter gesagt als getan, denn bei dieser Bombe war ein kriminelles Genie am Werk. Dann entdecken sie einen zweiten Sprengsatz an Bord.